omics

VI edycja kursu

Otwarta rekrutacja

Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych

  • 6 omik i narzędzia IT do analizy Big Data
  • 2 semestry rozłożone na 13 weekendów
  • 200 godzin – głównie zajęć praktycznych
  • 25 punktów edukacyjnych dla diagnostów laboratoryjnych

Celem kursu w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW jest przygotowanie osób, które będą mogły efektywnie zająć się analizą danych omicznych w kontekście ich wykorzystania w genetyce medycznej…

feature_4Implementacja technik
single-cell coraz częściej wykorzystywanych w badaniach biomedycznych
feature_1Pomoc w diagnostyce chorób genetycznych; identyfikacja molekularna nowych zespołów chorobowych
feature_2Możliwość prognozowania przebiegu chorób w tym farmakogenetyka
feature_3Identyfikacja czynników ryzyka zagrożeń i chorobach cywilizacyjnych

Dla kogo?


Kurs jest dedykowany osobom zainteresowanym zagadnieniami Data Science, chcącym rozwijać swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych.

Zapraszamy specjalistów takich dziedzin jak biologia, medycyna (w tym diagnostyka i analityka), chemia, fizyka, matematyka, informatyka lub dziedzin pokrewnych: biotechnologia, genetyka, kryminalistyka.

Do udziału w kursie może
aplikować

  • Lekarz, diagnosta lub technik laboratoryjny
  • Absolwent medycyny lub kierunku ścisłego
  • Student po IV roku kierunków nauk ścisłych
    lub medycyny
  • Student innego kierunku, zainteresowany bioinfomatyką
127 Absolwentów

Cztery pierwsze edycje Omics Data Science ukończyło łącznie 127 osób po kierunkach medycznych i/lub naukach ścisłych i przyrodniczych. Wykres przedstawia procentowy podział uczestników kursu według ukończonych kierunków studiów.

Praktyczne efekty

Po ukończeniu kursu, szanse absolwentów na ciekawą pracę diametralnie wzrastają. Nierzadko nasi absolwenci są kwalifikowani na studia doktoranckie i stanowiska post-doc. Zobacz praktyczne zastosowanie wiedzy z kursu Omics Data Science.

Daria Kalińska-Łysiak
Royal College of Surgeons Ireland

Program VI edycji


Obok wprowadzenia do analizy danych biomedycznych, kurs obejmuje zapoznanie się z podstawowymi narzędziami wykorzystywanymi w bioinformatyce, a także z wyzwaniami współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne wykorzystanie nabytych umiejętności, w trakcie zajęć dedykowanych analizie danych omicznych.

Nazwa przedmiotuRodzaj zajęćLiczba godzin
Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenieWykłady14
Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowychWykłady8
Podstawowe narzędzia informatyczneĆwiczenia30
Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowychWykłady10
Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu RĆwiczenia20
Podstawowa analiza danych genomowychWykłady i Ćwiczenia12
Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznychWykłady i Ćwiczenia18

Nazwa przedmiotuRodzaj zajęćLiczba godzin
Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowychWykłady5
Big Data i GenomikaWykłady i Ćwiczenia26
Transkryptomika*Wykłady i Ćwiczenia17
Epigenomika*Wykłady i Ćwiczenia17
Metagenomika / MikrobiomWykłady i Ćwiczenia17
Proteomika / MetabolomikaWykłady i Ćwiczenia11
Narzędzia wykorzystywane w wizualizacji molekularnej przykład PyMolWykłady i Ćwiczenia4
PodsumowanieWykłady4

* Zastosowanie technik „single-cell”

Liczba godzin

Kurs jest podzielony na dwa semestry – ponad 200 godzin lekcyjnych, z naciskiem na zajęcia praktyczne, w sumie 13 spotkań.
W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.

W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.

 

Miejsce zajęć

Zajęcia będą prowadzone w siedzibie ICM UW przy ul. Pawińskiego 5A,  w bloku D na V piętrze.
Przechodząc przez bramę IBB PAN należy kierować się w lewo do bocznego wejścia kolejnego budynku.

I semestr

15-16 lutego 2025
15-16 marca 2025
29-30 marca 2025
12-13 kwietnia 2025
10-11 maja 2025
24-25 maja 2025
14-15 czerwca 2025
28-29 czerwca 2025

II semestr

11-12 października 2025
25-26 października 2025
15-16 listopada 2025
29-30 listopada 2025
13-14 grudnia 2025

 

Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w dwa weekendy w miesiącu (soboty i niedziele), każdego dnia, średnio po 7 godzin lekcyjnych (45 min.).

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.

W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:

  • zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
  • epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
  • identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
  • metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
  • systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.

ICM odgrywa kluczową rolę w zapewnieniu polskim naukowcom z ponad 500 instytucji dostępu do pełnej literatury naukowej, w tym 25 tys. tytułów czasopism i 157 tys. tytułów książek, poprzez prowadzenie i utrzymywanie Wirtualnej Biblioteki Nauki (WBN). W obszarze Open Science, ICM umacnia pozycję Uniwersytetu Warszawskiego jako dostawcy największych serwisów otwartej nauki w Polsce – Biblioteki Nauki oraz repozytoriów danych.

Jednostka prowadzi wyjątkowe projekty edukacyjne: magisterskie studia o charakterze praktycznym z Inżynierii Obliczeniowej, kurs Omics Data Science, a także szkoły letnie (4eu+ Against Cancer, zaawansowane narzędzia IT, techniki przetwarzania danych) i specjalistyczne szkolenia.

Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z  Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.

Nazwa przedmiotuRodzaj zajęćLiczba godzin
Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenieWykłady14
Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowychWykłady8
Podstawowe narzędzia informatyczneĆwiczenia30
Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowychWykłady10
Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu RĆwiczenia20
Podstawowa analiza danych genomowychWykłady i Ćwiczenia12
Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznychWykłady i Ćwiczenia18
Nazwa przedmiotuRodzaj zajęćLiczba godzin
Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowychWykłady5
Big Data i GenomikaWykłady i Ćwiczenia26
Transkryptomika*Wykłady i Ćwiczenia17
Epigenomika*Wykłady i Ćwiczenia17
Metagenomika / MikrobiomWykłady i Ćwiczenia17
Proteomika / MetabolomikaWykłady i Ćwiczenia11
Narzędzia wykorzystywane w wizualizacji molekularnej przykład PyMolWykłady i Ćwiczenia4
PodsumowanieWykłady4

* Zastosowanie technik „single-cell”

Liczba godzin

Kurs jest podzielony na dwa semestry – ponad 200 godzin lekcyjnych, z naciskiem na zajęcia praktyczne, w sumie 13 spotkań.
W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.

W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.

 

Miejsce zajęć

Zajęcia będą prowadzone w siedzibie ICM UW przy ul. Pawińskiego 5A,  w bloku D na V piętrze.
Przechodząc przez bramę IBB PAN należy kierować się w lewo do bocznego wejścia kolejnego budynku.

I semestr

15-16 lutego 2025
15-16 marca 2025
29-30 marca 2025
12-13 kwietnia 2025
10-11 maja 2025
24-25 maja 2025
14-15 czerwca 2025
28-29 czerwca 2025

II semestr

11-12 października 2025
25-26 października 2025
15-16 listopada 2025
29-30 listopada 2025
13-14 grudnia 2025

 

Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w dwa weekendy w miesiącu (soboty i niedziele), każdego dnia, średnio po 7 godzin lekcyjnych (45 min.).

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.

W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:

  • zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
  • epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
  • identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
  • metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
  • systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.

ICM odgrywa kluczową rolę w zapewnieniu polskim naukowcom z ponad 500 instytucji dostępu do pełnej literatury naukowej, w tym 25 tys. tytułów czasopism i 157 tys. tytułów książek, poprzez prowadzenie i utrzymywanie Wirtualnej Biblioteki Nauki (WBN). W obszarze Open Science, ICM umacnia pozycję Uniwersytetu Warszawskiego jako dostawcy największych serwisów otwartej nauki w Polsce – Biblioteki Nauki oraz repozytoriów danych.

Jednostka prowadzi wyjątkowe projekty edukacyjne: magisterskie studia o charakterze praktycznym z Inżynierii Obliczeniowej, kurs Omics Data Science, a także szkoły letnie (4eu+ Against Cancer, zaawansowane narzędzia IT, techniki przetwarzania danych) i specjalistyczne szkolenia.

Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z  Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.

Wykładowcy dotychczasowych edycji


  • dr Katarzyna Suski-Grabowski

    kierownik kursu Omics Data Science,
    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Badania wysokoprzepustowe w medycynie

  • prof. dr hab. Dorota Hoffman

    profesor w Zakładzie Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie, profesor w Instytucie Genetyki i Biotechnologii Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego

    Badania wysokoprzepustowe w medycynie i etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych

  • prof. dr hab. Monika Gos

    profesor w Instytucie Matki i Dziecka, kierownik Pracowni Genetyki Rozwoju

    Badania wysokoprzepustowe w medycynie

  • prof. dr hab. Piotr Bała

    profesor w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, dyrektor ds. kształcenia

    Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych

  • mgr inż. Robert Paciorek

    wykładowca w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Podstawowe narzędzia informatyczne

  • mgr inż. Krzysztof Lasocki

    specjalista IT, administracja systemami, programowanie backend i frontend

    Podstawowe narzędzia informatyczne

  • prof. dr hab. Robert Nowak

    profesor w Instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, Kierownik Zakładu Sztucznej Inteligencji

    Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych

  • dr n. med. Mateusz Dawidziuk

    starszy asystent, specjalista w Zakładzie Genetyki Medycznej - Zespół Pracowni Genetyki Molekularnej, Instytut Matki i Dziecka

    Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych, Genomika

  • dr inż. Wiktor Kuśmirek

    programista w Instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej

    Podstawowa analiza danych genomowych

  • mgr Anna Lewan

    młodszy asystent - bioinformatyk w Instytucie Matki i Dziecka w Warszawie

    Podstawowa analiza danych genomowych

  • dr Dominika Czerniawska-Szejda

    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R

  • dr Łukasz Górski

    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych

  • dr Marek Nowicki

    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych

  • dr Jarosław Piersa

    programista w Camino Science

    Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych

  • mgr Roman Bogacewicz

    pełnomocnik ds. ochrony danych osobowych w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Bezpieczeństwo danych, anonimizacja, ochrona danych osobowych, RODO

  • prof. dr hab. Tomasz Gambin

    profesor w instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, kierownik Zespołu Bioinformatyki Big Data

    Genomika

  • dr hab. Bartosz Wojtas

    adiunkt w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Kierownik Pracowni Sekwencjonowania

    Transkryptomika / Epigenomika

  • dr Michał Dąbrowski

    adiunkt w Instytucie Podstaw Informatyki Polskiej Akademii Nauk i kierownik Zespołu Biologii Obliczeniowej

    Epigenomika / Transkryptomika

  • dr Tomasz Kościółek

    adiunkt w Małopolskim Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, kierownik grupy Genomiki Strukturalnej i Funkcjonalnej

    Metagenomika / Mikrobiom

  • mgr Zuzanna Karwowska

    doktorantka w Małopolskim Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego

    Metagenomika / Mikrobiom

  • dr Dominik Cysewski

    naukowiec na Uniwersytecie Medycznym w Białymstoku, kierownik At Prot

    Proteomika / Metabolomika

Rekrutacja


course

OMICS DATA SCIENCE

VI EDYCJA, 24 miejsca

15 000 PLN

+ bezzwrotna opłata wpisowa

100 PLN

O przyjęciu na kurs decyduje spełnienie kryteriów formalnych oraz wyniki rekrutacji.

Szczegółowe warunki udziału w kursie określa Regulamin - prosimy o zapoznanie się z jego treścią przez rejestracją.

Wszelkie pytania dodatkowe dotyczące kursu Omics Data Science, prosimy kierować przez formularz kontaktowy na dole strony lub na podany tam adres e-mail.

Ważne terminy

VI edycja kursu: luty 2025 – styczeń 2026

  • Termin rejestracji od 01.10.2024
    - do wyczerpania miejsc
  • Termin złożenia dokumentów
    - w ciągu 5 dni od rejestracji
  • Ogłoszenie wyników do 31.01.2025
  • Wniesienie opłaty:
    - całość opłaty lub I rata do 15.02.2025
    - II rata do 01.10.2025
To top
Skip to content