omics

Kurs w ICM UW


Celem kursu "Omics Data Science - Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” jest przygotowanie osób, które będą mogły efektywnie zająć się analizą danych omicznych w kontekście ich wykorzystania w genetyce medycznej

feature_4Implementacja technik
single-cell coraz częściej wykorzystywanych w badaniach biomedycznych
feature_1Pomoc w diagnostyce chorób genetycznych; identyfikacja molekularna nowych zespołów chorobowych
feature_2Możliwość prognozowania przebiegu chorób; w tym farmakogenetyka
feature_3Identyfikacja czynników ryzyka w zagrożeniach i chorobach cywilizacyjnych

Dla kogo?


Kurs jest dedykowany osobom zainteresowanym zagadnieniami Data Science, chcącym rozwijać swoją wiedzę w zakresie bioinformatyki oraz analizy wielkoskalowych danych biomedycznych.

Zapraszamy specjalistów takich dziedzin jak biologia, medycyna, chemia, fizyka, matematyka, informatyka; lub dziedzin pokrewnych: biotechnologia, genetyka, kryminalistyka.

Do udziału w kursie może
aplikować

  • Lekarz, diagnosta laboratoryjny lub technik laboratoryjny
  • Absolwent kierunku ścisłego lub medycyny
  • Student po IV roku kierunków nauk ścisłych
    lub medycyny
  • Student innego kierunku, który podniósł swoje kwalifikacje w zakresie bioinformatyki
127 Absolwentów

Cztery pierwsze edycje Omics Data Science ukończyło łącznie 127 osób po kierunkach medycznych i/lub naukach ścisłych i przyrodniczych. Wykres przedstawia procentowy podział uczestników kursu według ukończonych kierunków studiów.

Praktyczne efekty


Po ukończeniu kursu, szanse absolwentów na ciekawą pracę diametralnie wzrastają.
Nierzadko nasi absolwenci są kwalifikowani na studia doktoranckie i stanowiska post-doc.
Zobacz praktyczne zastosowanie wiedzy z kursu Omics Data Science.

Daria Kalińska-Łysiak
Royal College of Surgeons Ireland

Program V edycji


Obok wprowadzenia do analizy danych biomedycznych, kurs obejmuje zapoznanie się z podstawowymi narzędziami
wykorzystywanymi w bioinformatyce, a także z wyzwaniami współczesnej genetyki. Zajęcia umożliwią również praktyczne
wykorzystanie nabytych umiejętności, w trakcie zajęć dedykowanych analizie danych omicznych.

Nazwa przedmiotu Osoba prowadząca Rodzaj zajęć Liczba godzin
Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie prof. dr hab. Dorota Hoffman, dr hab. Monika Gos, dr Katarzyna Suski-Grabowski Wykłady 14
Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych prof. Piotr Bała Wykłady 8
Podstawowe narzędzia informatyczne mgr inż. Robert Paciorek, mgr inż. Krzysztof Lasocki Ćwiczenia 28
Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych prof. dr hab. Robert Nowak, dr n. med. Mateusz Dawidziuk Wykłady 10
Podstawowa analiza danych genomowych dr inż. Wiktor Kuśmirek, mgr Grzegorz Kuśmirek Wykłady i Ćwiczenia 12
Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R dr Dominika Czerniawska-Szejda Ćwiczenia 20
Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych dr Łukasz Górski, dr Marek Nowicki, dr Jarosław Piersa Wykłady 12

Nazwa przedmiotu Osoba prowadząca Rodzaj zajęć Liczba
Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych prof. dr hab. Dorota Hoffman, mgr Roman Bogacewicz Wykłady 5
Genomika dr hab. Tomasz Gambin, dr n. med. Mateusz Dawidziuk Ćwiczenia 26
Transkryptomika* dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski Ćwiczenia 17
Epigenomika* dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski Ćwiczenia 17
Metagenomika / Mikrobiom dr Tomasz Kościółek, mgr Zuzanna Karwowska Ćwiczenia 16
Proteomika / Metabolomika dr Dominik Cysewski Wykłady i Ćwiczenia 11
Podsumowanie dr Katarzyna Suski-Grabowski Wykłady 4

* Zastosowanie technik „single-cell”

Liczba godzin

Kurs jest podzielony na dwa semestry – ponad 200 godzin lekcyjnych, z naciskiem na zajęcia praktyczne, w sumie 12 spotkań.
W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.

W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.

 

Miejsce zajęć

Zajęcia będą prowadzone w siedzibie ICM UW przy ul. Pawińskiego 5A,  w bloku D na V piętrze.
Przechodząc przez bramę IBB PAN należy kierować się w lewo do bocznego wejścia kolejnego budynku.

I semestr

17-18 lutego 2024
9-10 marca 2024
23-24 marca 2024
6-7 kwietnia 2024
20-21 kwietnia 2024
25-26 maja 2024
8-9 czerwca 2024
22-23 czerwca 2024

II semestr

12-13 października 2024
26-27 października 2024
9-10 listopada 2024
23-24 listopada 2024
7-8 grudnia 2024

 

Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w dwa weekendy w miesiącu (soboty i niedziele), każdego dnia, średnio po 7 godzin lekcyjnych (45 min.).

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.

W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:

  • zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
  • epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
  • identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
  • metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
  • systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.

ICM odgrywa kluczową rolę w zapewnieniu polskim naukowcom z ponad 500 instytucji dostępu do pełnej literatury naukowej, w tym 25 tys. tytułów czasopism i 157 tys. tytułów książek, poprzez prowadzenie i utrzymywanie Wirtualnej Biblioteki Nauki (WBN). W obszarze Open Science, ICM umacnia pozycję Uniwersytetu Warszawskiego jako dostawcy największych serwisów otwartej nauki w Polsce – Biblioteki Nauki oraz repozytoriów danych.

Jednostka prowadzi wyjątkowe projekty edukacyjne: magisterskie studia o charakterze praktycznym z Inżynierii Obliczeniowej, kurs Omics Data Science, a także szkoły letnie (4eu+ Against Cancer, zaawansowane narzędzia IT, techniki przetwarzania danych) i specjalistyczne szkolenia.

Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z  Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.

Nazwa przedmiotu Osoba prowadząca Rodzaj zajęć Liczba godzin
Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie prof. dr hab. Dorota Hoffman, dr hab. Monika Gos, dr Katarzyna Suski-Grabowski Wykłady 14
Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych prof. Piotr Bała Wykłady 8
Podstawowe narzędzia informatyczne mgr inż. Robert Paciorek, mgr inż. Krzysztof Lasocki Ćwiczenia 28
Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych prof. dr hab. Robert Nowak, dr n. med. Mateusz Dawidziuk Wykłady 10
Podstawowa analiza danych genomowych dr inż. Wiktor Kuśmirek, mgr Grzegorz Kuśmirek Wykłady i Ćwiczenia 12
Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R dr Dominika Czerniawska-Szejda Ćwiczenia 20
Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych dr Łukasz Górski, dr Marek Nowicki, dr Jarosław Piersa Wykłady 12
Nazwa przedmiotu Osoba prowadząca Rodzaj zajęć Liczba
Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych prof. dr hab. Dorota Hoffman, mgr Roman Bogacewicz Wykłady 5
Genomika dr hab. Tomasz Gambin, dr n. med. Mateusz Dawidziuk Ćwiczenia 26
Transkryptomika* dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski Ćwiczenia 17
Epigenomika* dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski Ćwiczenia 17
Metagenomika / Mikrobiom dr Tomasz Kościółek, mgr Zuzanna Karwowska Ćwiczenia 16
Proteomika / Metabolomika dr Dominik Cysewski Wykłady i Ćwiczenia 11
Podsumowanie dr Katarzyna Suski-Grabowski Wykłady 4

* Zastosowanie technik „single-cell”

Liczba godzin

Kurs jest podzielony na dwa semestry – ponad 200 godzin lekcyjnych, z naciskiem na zajęcia praktyczne, w sumie 12 spotkań.
W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.

W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.

 

Miejsce zajęć

Zajęcia będą prowadzone w siedzibie ICM UW przy ul. Pawińskiego 5A,  w bloku D na V piętrze.
Przechodząc przez bramę IBB PAN należy kierować się w lewo do bocznego wejścia kolejnego budynku.

I semestr

17-18 lutego 2024
9-10 marca 2024
23-24 marca 2024
6-7 kwietnia 2024
20-21 kwietnia 2024
25-26 maja 2024
8-9 czerwca 2024
22-23 czerwca 2024

II semestr

12-13 października 2024
26-27 października 2024
9-10 listopada 2024
23-24 listopada 2024
7-8 grudnia 2024

 

Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w dwa weekendy w miesiącu (soboty i niedziele), każdego dnia, średnio po 7 godzin lekcyjnych (45 min.).

Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.

W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:

  • zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
  • epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
  • identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
  • metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
  • systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.

ICM odgrywa kluczową rolę w zapewnieniu polskim naukowcom z ponad 500 instytucji dostępu do pełnej literatury naukowej, w tym 25 tys. tytułów czasopism i 157 tys. tytułów książek, poprzez prowadzenie i utrzymywanie Wirtualnej Biblioteki Nauki (WBN). W obszarze Open Science, ICM umacnia pozycję Uniwersytetu Warszawskiego jako dostawcy największych serwisów otwartej nauki w Polsce – Biblioteki Nauki oraz repozytoriów danych.

Jednostka prowadzi wyjątkowe projekty edukacyjne: magisterskie studia o charakterze praktycznym z Inżynierii Obliczeniowej, kurs Omics Data Science, a także szkoły letnie (4eu+ Against Cancer, zaawansowane narzędzia IT, techniki przetwarzania danych) i specjalistyczne szkolenia.

Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z  Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.

Wykładowcy dotychczasowych edycji


  • dr Katarzyna Suski-Grabowski

    kierownik kursu Omics Data Science,
    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Badania wysokoprzepustowe w medycynie

  • prof. dr hab. Dorota Hoffman

    profesor w Zakładzie Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie, profesor w Instytucie Genetyki i Biotechnologii Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego

    Badania wysokoprzepustowe w medycynie i etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych

  • prof. dr hab. Monika Gos

    profesor w Instytucie Matki i Dziecka, kierownik Pracowni Genetyki Rozwoju

    Badania wysokoprzepustowe w medycynie

  • prof. dr hab. Piotr Bała

    profesor w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego, dyrektor ds. kształcenia

    Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych

  • mgr inż. Robert Paciorek

    wykładowca w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Podstawowe narzędzia informatyczne

  • mgr inż. Krzysztof Lasocki

    specjalista IT, administracja systemami, programowanie backend i frontend

    Podstawowe narzędzia informatyczne

  • prof. dr hab. Robert Nowak

    profesor w Instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, Kierownik Zakładu Sztucznej Inteligencji

    Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych

  • dr n. med. Mateusz Dawidziuk

    starszy asystent, specjalista w Zakładzie Genetyki Medycznej - Zespół Pracowni Genetyki Molekularnej, Instytut Matki i Dziecka

    Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych, Genomika

  • dr inż. Wiktor Kuśmirek

    programista w Instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej

    Podstawowa analiza danych genomowych

  • mgr Anna Lewan

    młodszy asystent - bioinformatyk w Instytucie Matki i Dziecka w Warszawie

    Podstawowa analiza danych genomowych

  • dr Dominika Czerniawska-Szejda

    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R

  • dr Łukasz Górski

    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych

  • dr Marek Nowicki

    adiunkt w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych

  • dr Jarosław Piersa

    programista w Camino Science

    Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych

  • mgr Roman Bogacewicz

    pełnomocnik ds. ochrony danych osobowych w Interdyscyplinarnym Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego

    Bezpieczeństwo danych, anonimizacja, ochrona danych osobowych, RODO

  • prof. dr hab. Tomasz Gambin

    profesor w instytucie Informatyki na Wydziale Elektroniki i Technik Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, kierownik Zespołu Bioinformatyki Big Data

    Genomika

  • dr hab. Bartosz Wojtas

    adiunkt w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Kierownik Pracowni Sekwencjonowania

    Transkryptomika / Epigenomika

  • dr Michał Dąbrowski

    adiunkt w Instytucie Podstaw Informatyki Polskiej Akademii Nauk i kierownik Zespołu Biologii Obliczeniowej

    Epigenomika / Transkryptomika

  • dr Tomasz Kościółek

    adiunkt w Małopolskim Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, kierownik grupy Genomiki Strukturalnej i Funkcjonalnej

    Metagenomika / Mikrobiom

  • mgr Zuzanna Karwowska

    doktorantka w Małopolskim Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego

    Metagenomika / Mikrobiom

  • dr Dominik Cysewski

    naukowiec na Uniwersytecie Medycznym w Białymstoku, kierownik At Prot

    Proteomika / Metabolomika

Rekrutacja


course

OMICS DATA SCIENCE

V EDYCJA, 24 miejsca

15 000 PLN

+ bezzwrotna opłata wpisowa

100 PLN

O przyjęciu na kurs decyduje spełnienie kryteriów formalnych oraz wyniki rekrutacji.

Szczegółowe warunki udziału w kursie określa Regulamin - prosimy o zapoznanie się z jego treścią przez rejestracją.

Wszelkie pytania dodatkowe dotyczące kursu Omics Data Science, prosimy kierować przez formularz kontaktowy na dole strony lub na podany tam adres e-mail.

Ważne terminy

V edycja kursu 17.02.2024 - 31.01.2025

  • Termin rejestracji od 13.11.2023
    - do wyczerpania miejsc
  • Termin złożenia dokumentów
    - w ciągu 5 dni od rejestracji
  • Ogłoszenie wyników do 08.02.2024
  • Wniesienie opłaty:
    - całość opłaty lub I rata do 10.02.2024
    - II rata do 01.10.2024

VI edycja kursu

  • Informacje o kolejnej edycji Omics Data Science opublikujemy w semestrze zimowym 2024 r.
To top
Skip to content