Program V edycji
| Nazwa przedmiotu | Osoba prowadząca | Rodzaj zajęć | Liczba godzin |
|---|---|---|---|
| Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie | prof. dr hab. Dorota Hoffman, dr hab. Monika Gos, dr Katarzyna Suski-Grabowski | Wykłady | 14 |
| Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych | prof. Piotr Bała | Wykłady | 8 |
| Podstawowe narzędzia informatyczne | mgr inż. Robert Paciorek, mgr inż. Krzysztof Lasocki | Ćwiczenia | 28 |
| Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych | prof. dr hab. Robert Nowak, dr n. med. Mateusz Dawidziuk | Wykłady | 10 |
| Podstawowa analiza danych genomowych | dr inż. Wiktor Kuśmirek, mgr Grzegorz Kuśmirek | Wykłady i Ćwiczenia | 12 |
| Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R | dr Dominika Czerniawska-Szejda | Ćwiczenia | 20 |
| Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych | dr Łukasz Górski, dr Marek Nowicki, dr Jarosław Piersa | Wykłady | 12 |
| Nazwa przedmiotu | Osoba prowadząca | Rodzaj zajęć | Liczba godzin |
|---|---|---|---|
| Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych | prof. dr hab. Dorota Hoffman, mgr Roman Bogacewicz | Wykłady | 5 |
| Genomika | dr hab. Tomasz Gambin, dr n. med. Mateusz Dawidziuk | Ćwiczenia | 26 |
| Transkryptomika* | dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski | Ćwiczenia | 17 |
| Epigenomika* | dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski | Ćwiczenia | 17 |
| Metagenomika / Mikrobiom | dr Tomasz Kościółek, mgr Zuzanna Karwowska | Ćwiczenia | 16 |
| Proteomika / Metabolomika | dr Dominik Cysewski | Wykłady i Ćwiczenia | 11 |
| Podsumowanie | dr Katarzyna Suski-Grabowski | Wykłady | 4 |
* Zastosowanie technik „single-cell”
Liczba godzin
Kurs jest podzielony na dwa semestry – ponad 200 godzin lekcyjnych, z naciskiem na zajęcia praktyczne, w sumie 12 spotkań.
W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.
W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.
Miejsce zajęć
Zajęcia będą prowadzone w siedzibie ICM UW przy ul. Pawińskiego 5A, w bloku D na V piętrze.
Przechodząc przez bramę IBB PAN należy kierować się w lewo do bocznego wejścia kolejnego budynku.
I semestr
17-18 lutego 2024
9-10 marca 2024
23-24 marca 2024
6-7 kwietnia 2024
20-21 kwietnia 2024
25-26 maja 2024
8-9 czerwca 2024
22-23 czerwca 2024
II semestr
12-13 października 2024
26-27 października 2024
9-10 listopada 2024
23-24 listopada 2024
7-8 grudnia 2024
Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w dwa weekendy w miesiącu (soboty i niedziele), każdego dnia, średnio po 7 godzin lekcyjnych (45 min.).
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.
W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:
- zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
- epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
- identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
- metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
- systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.
ICM odgrywa kluczową rolę w zapewnieniu polskim naukowcom z ponad 500 instytucji dostępu do pełnej literatury naukowej, w tym 25 tys. tytułów czasopism i 157 tys. tytułów książek, poprzez prowadzenie i utrzymywanie Wirtualnej Biblioteki Nauki (WBN). W obszarze Open Science, ICM umacnia pozycję Uniwersytetu Warszawskiego jako dostawcy największych serwisów otwartej nauki w Polsce – Biblioteki Nauki oraz repozytoriów danych.
Jednostka prowadzi wyjątkowe projekty edukacyjne: magisterskie studia o charakterze praktycznym z Inżynierii Obliczeniowej, kurs Omics Data Science, a także szkoły letnie (4eu+ Against Cancer, zaawansowane narzędzia IT, techniki przetwarzania danych) i specjalistyczne szkolenia.
Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.
| Nazwa przedmiotu | Osoba prowadząca | Rodzaj zajęć | Liczba godzin |
|---|---|---|---|
| Badania wysokoprzepustowe w medycynie – wprowadzenie | prof. dr hab. Dorota Hoffman, dr hab. Monika Gos, dr Katarzyna Suski-Grabowski | Wykłady | 14 |
| Infrastruktura w badaniach wysokoprzepustowych | prof. Piotr Bała | Wykłady | 8 |
| Podstawowe narzędzia informatyczne | mgr inż. Robert Paciorek, mgr inż. Krzysztof Lasocki | Ćwiczenia | 28 |
| Podstawowe bazy danych i narzędzia do analizy danych wysokoprzepustowych | prof. dr hab. Robert Nowak, dr n. med. Mateusz Dawidziuk | Wykłady | 10 |
| Podstawowa analiza danych genomowych | dr inż. Wiktor Kuśmirek, mgr Grzegorz Kuśmirek | Wykłady i Ćwiczenia | 12 |
| Podstawy analizy z wykorzystaniem pakietu R | dr Dominika Czerniawska-Szejda | Ćwiczenia | 20 |
| Narzędzia wykorzystywane w badaniach biomedycznych w analizach omicznych | dr Łukasz Górski, dr Marek Nowicki, dr Jarosław Piersa | Wykłady | 12 |
| Nazwa przedmiotu | Osoba prowadząca | Rodzaj zajęć | Liczba godzin |
|---|---|---|---|
| Etyczne aspekty biomedycznych badań wysokoprzepustowych | prof. dr hab. Dorota Hoffman, mgr Roman Bogacewicz | Wykłady | 5 |
| Genomika | dr hab. Tomasz Gambin, dr n. med. Mateusz Dawidziuk | Ćwiczenia | 26 |
| Transkryptomika* | dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski | Ćwiczenia | 17 |
| Epigenomika* | dr hab. Bartosz Wojtas, dr Michał Dąbrowski | Ćwiczenia | 17 |
| Metagenomika / Mikrobiom | dr Tomasz Kościółek, mgr Zuzanna Karwowska | Ćwiczenia | 16 |
| Proteomika / Metabolomika | dr Dominik Cysewski | Wykłady i Ćwiczenia | 11 |
| Podsumowanie | dr Katarzyna Suski-Grabowski | Wykłady | 4 |
* Zastosowanie technik „single-cell”
Liczba godzin
Kurs jest podzielony na dwa semestry – ponad 200 godzin lekcyjnych, z naciskiem na zajęcia praktyczne, w sumie 12 spotkań.
W pierwszym semestrze będą wykładane podstawy badań wysokoprzepustowych w medycynie i podstawy informatyki niezbędne do obliczeń wysokoprzepustowych.
W drugim semestrze będą prowadzone wykłady i ćwiczenia z dziedzin omicznych.
W ramach programu słuchacze są zobligowani do 30 godzin pracy własnej z określonych przedmiotów praktycznych, w grupach 4-5 osobowych pod nadzorem wykładowców.
Miejsce zajęć
Zajęcia będą prowadzone w siedzibie ICM UW przy ul. Pawińskiego 5A, w bloku D na V piętrze.
Przechodząc przez bramę IBB PAN należy kierować się w lewo do bocznego wejścia kolejnego budynku.
I semestr
17-18 lutego 2024
9-10 marca 2024
23-24 marca 2024
6-7 kwietnia 2024
20-21 kwietnia 2024
25-26 maja 2024
8-9 czerwca 2024
22-23 czerwca 2024
II semestr
12-13 października 2024
26-27 października 2024
9-10 listopada 2024
23-24 listopada 2024
7-8 grudnia 2024
Zajęcia dydaktyczne będą odbywały się w dwa weekendy w miesiącu (soboty i niedziele), każdego dnia, średnio po 7 godzin lekcyjnych (45 min.).
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego prowadzi interdyscyplinarne badania naukowe w oparciu o modelowanie matematyczne, symulacje komputerowe oraz obliczenia wielo- i wielkoskalowe. W obszarze usług typu High Performance Computing (HPC) i usług chmurowych, ICM wspomaga użytkowników z całej Polski aktywnie korzystających z superkomputerów i infrastruktury obliczeniowej, sieciowej oraz przechowywania wielkich danych.
W naukach biologicznych i medycznych działalność ICM obejmuje m.in.:
- zastosowania sztucznej inteligencji, wizualizacji i analizy obrazowej w diagnostyce medycznej;
- epidemiologię i geografię zdrowia oraz modelowanie przebiegu epidemii (Model Epidemiologiczny ICM);
- identyfikację czynników genetycznych aktywacji syndromu PIMS (Paediatric multisystem inflammatory syndrome);
- metody informatyczne, aplikacje i API w bioinformatyce i genomice;
- systemy uczenia maszynowego i selekcji w biologii.
ICM odgrywa kluczową rolę w zapewnieniu polskim naukowcom z ponad 500 instytucji dostępu do pełnej literatury naukowej, w tym 25 tys. tytułów czasopism i 157 tys. tytułów książek, poprzez prowadzenie i utrzymywanie Wirtualnej Biblioteki Nauki (WBN). W obszarze Open Science, ICM umacnia pozycję Uniwersytetu Warszawskiego jako dostawcy największych serwisów otwartej nauki w Polsce – Biblioteki Nauki oraz repozytoriów danych.
Jednostka prowadzi wyjątkowe projekty edukacyjne: magisterskie studia o charakterze praktycznym z Inżynierii Obliczeniowej, kurs Omics Data Science, a także szkoły letnie (4eu+ Against Cancer, zaawansowane narzędzia IT, techniki przetwarzania danych) i specjalistyczne szkolenia.
Kurs „Omics Data Science – Bioinformatyka i Analiza Wielkoskalowych Danych Biomedycznych” przez cztery pierwsze edycje był realizowany we współpracy z Instytutem Matki i Dziecka w Warszawie w ramach projektu: „Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN)”, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (POWER). ICM był partnerem merytorycznym projektu, odpowiedzialnym za przygotowanie i przeprowadzenie kursu.